V roce 1881 nechal hrabě Sweerts-Spork vytisknout výzvu ke zřízení zoologické zahrady v Praze. O deset let později byl ustanoven výbor k ustavení ZOO v Královské oboře, která se ale neuskutečnila. I když se neustále jednalo o zbudování zoologické zahrady, vznikaly komise apod., teprve v roce 1927 bylo oploceno 8 ha pozemků určených pro zoologickou zahradu.
Mezi první zvířata, která byla v ZOO byla lvice Šárka, kterou daroval majitel cirkusu Rebernig. Jelikož pro lvici nebyl k dispozici vhodný výběh, lvice žila v trojské vile prof. Jandy, tak jako jiní budoucí obyvatelé ZOO.
První návštěvníci prošli bránou ZOO až 28. října 1931, v této době byla postavena administrativní budova, dále pak voliéra dravců, do ZOO bylo umístěno první lvíče Lotty a první zástupci koňů Převalského, o rok později zde byli umístěni první tygři. V roce 1933 přišel slon Baby, hroch Petr a nosorožec Max. V ZOO se narodila první mláďata tygrů. V roce 1934 přišel do ZOO párek lvů – Šárka a Ctirad. V tomto roce daroval ZOO herec Vlasta Burian 2 lachtany. Rok poté byl postaven pavilon šelem pod skálou. Rok 1938 přinesl chovatelské úspěchy, podařilo se odchovat mládě kondora andského, což bylo poprvé na světě.
V roce 1940 byla vybudována soustava hospodářských budov. Rok poté postihla ZOO v březnu povodeň, voda se dostala až do pavilonu šelem. V roce 1942 se podařilo poprvé na světě odchovat první mládě ledního medvěda, v roce 1944 přišla do ZOO hrošice Zuzana, ta do té doby žila v Berlíně. V roce 1950 se stala ZOO zařízením státní správy pod ÚNV a je pod dohledem MIO. Novým přírůstkem je šimpanz, samička Moke a byl dostavěn pavilon opic. Rok 1954 byl příchodem první žirafí samice Lenky, 2 roky poté byl postaven pavilon malých živočichů. V roce 1959 se ředitelem stává dr. Zdeněk Veselovský, pod jeho vedením se pražská ZOO dostala mezi přední zoologické zahrady na světě, rok poté byla ZOO pověřena aby vedla mezinárodní plemennou knihu koně Převalského.
Novodobá historie
V roce 1963 přišel do ZOO první orangutan, samice Soňa, rok poté přišel gorilí samec Titan. V roce 1969 se pod návaly sněhu zřítila Jandova voliéra dravců. V roce 1971 byl otevřen nový pavilon velkých savců a narodil se orangutan Kama, rok poté se narodila první mláďata gepardů, rok 1978 byl příchodem prvních hrabáčů. V roce 1991 byl otevřen pavilon velkých kočkovitých šelem. Nová expozice Amerika byla
otevřena v roce 1995, taktéž byla rekonstruována expozice
ledních medvědů a baribalů. Pavilon velkých želv byl otevřen v roce 1998, pavilon opic, který už nevyhovoval byl v roce 1999 zbourán. V roce 2001 se povedl umělý odchov koně Převalského na světě, navíc byly otevřeny pavilony Africký dům a pavilon opic. Rok 2002 byl pro ZOO velmi nešťastný. Téměř polovinu území bylo zasaženo povodní. V roce 2003 měla ZOO nové přírůstky v podobě slonů, a to samice Praya a samec Nagathan a mediálně známý samec gorily nížinné Richard.
Období války omezilo vývoj ZOO, a to jak ve výstavbě, tak i v zajišťování zvířat. Obchodní spojení s jinými zahradami bylo prakticky nemožné a finanční prostředky byla zajišťovány různými příspěvky od města a ostatních orgánů v podobě nejen finanční , ale i v podobě krmiv nebo drobného technického vybavení. Dalším z možných zdrojů byla cirkusová představení, které provozovali zaměstnanci ZOO. Představení se konala ve vypůjčeném cirkusovém stanu, později byl postaven dřevěný cirkusový stan, kde se konala představení až do roku 1951.
Povodně v roce 2002 byly velmi nepříjemné pro pražskou ZOO. V průběhu povodně bylo evakuováno téměř 1 000 zvířat, některá byla přemístěna do jiných zoologických zahrad. Část zvířat se vrátila ihned jakmile to bylo možné, jiná zvířata se vrátila později. Bohužel jsou i taková zvířata, která se už zpět nevrátí. Mezi ty, které se už nevrátí je lachtan Gaston, který plaval až do Německa, kde se vyčerpán nechal odchytit. Bohužel stres a infekce, kterou získal v kalné vodě mu nedovolily přežít.